深圳的“农民房”往往会与农村宅基地建房、小产权房相联系，而事实上在2004年深圳全面实施城市化之后，农村土地依据《深圳市宝安龙岗两区城市化土地管理办法》由集体所有转为国家所有，原本因集体宅基地而建的农民房在产权上已不是宅基地使用权，因此有关宅基地的法律规定已不适应深圳目前的“农民房”。

“农民房”也不同于小产权房，小产权房并不是一个可以完全定义的概念，主要是与拥有完全物权的商品房相对，涵盖了那些不受法律保护的房产。深圳集体土地全部转为国有之后，原先盖好的“农民房”的存在属于历史遗留问题，将“农民房”称为为小产权房并不妥当，“农民房”只要按照相关政策补办手续，其物权应受法律保护。

2001年前后，深圳出台了《深圳经济特区处理历史遗留违法私房若干规定》、《深圳经济特区处理历史遗留生产经营性违法建筑若干规定》。根据该规定，对缴纳了罚款、补签了土地使用权出让合同、补交了地价款的“农民房”予以确权，发放《房地产证》。此外又根据合作建房、私房买卖、村民与非村民等不同情况，《房地产证》又分为所谓的“红本”、“绿本”。

而所谓“红本”，实际上就是具备市场商品房条件的房屋的《房地产证》，与目前一般的房地产商开发销售的市场商品房具有同等法律效力，此类房屋当然可以自由买卖。从法理上来说，虽然此类房屋位处于“农民房”比较集中的区域，但实际上已经是其他意义的“农民房”。此类“红本农民房”的物权受法律保护，依法可以转让。

取得“绿本”《房地产证》的“农民房”不得买卖，抵押（典当）、出租须按有关规定办理。所谓“绿本”也是经过深圳市政府确权的，但“绿本”《房地产证》受法律、政策限制，不得进行买卖，“绿本”封面明确表明“本证所记载的房地产不得买卖。抵押（典当）、出租须按有关规定办理。同样是“农民房”，物权性质却不同，只能由国土部门去界定，也算是深圳特色。

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